CONACED está gobernada por:

1. La Asamblea Nacional: Autoridad suprema y el órgano legislativo de la Confederación. Está integrada por miembros de derecho y por miembros elegidos.

Son miembros de derecho:

- El Presidente de la Comisión episcopal para la Evangelización de la Cultura y la Educación.

- El Presidente de la confederación y los miembros del comité Ejecutivo Nacional.

- El director de la Sección de Educación del Secretariado Permanente del Episcopado Colombiano.

- Los presidentes de las federaciones o en su defecto el Vicepresidente.

Son miembros elegidos:

- Los delegados de las Federaciones

- Los delegados de las Coordinaciones Provinciales de Educación de los institutos de Vida consagrada y Sociedades de vida apostólica y los delegados de las jurisdicciones eclesiásticas vinculadas.

2. El Presidente de la Confederación: Es el representante legal de la Confederación y la preside. Es nombrado por el Presidente de la Conferencia Episcopal de terna presentada por la Asamblea Nacional.

3. Comité Ejecutivo Nacional: Es el órgano ejecutivo de la Confederación; es elegido por la Asamblea Nacional y está integrado por el Presidente de la Confederación, el Vicepresidente, el Secretario, cuatro Vocales y Delegado del SPEC.